Mediante el Programa de Biología Molecular se pretende contribuir al desarrollo de la investigación en el sector azucarero costarricense, mediante la validación de protocolos, el desarrollo y ejecución de proyectos basados en técnicas altamente específicas y novedosas de la biología molecular, tales como marcadores genéticos, expresión génica, amplificación y secuenciación de fragmentos del ADN. Con el propósito de generar información valiosa para el mejoramiento de variedades, de productos agrobiotecnológicos, el saneamiento de fitopatógenos y el potencial productivo de la agroindustria azucarera.